Pir Vilayat Inayat Khan wurde am 19. Juni 1916 als Sohn von Pirani Ameena Begum und Hazrat Inayat Khan geboren. Ab seinem sechsten Lebensjahr wuchs er zusammen mit seiner älteren Schwester Noor-un-Nisa und seinen jüngeren Geschwistern Hidayat und Khair-un-Nisa im Fazal Manzil (Haus des Segens) in Suresnes, Frankreich, auf. In seinem zehnten Lebensjahr wurde er von seinem Vater zu dessen Nachfolger bestimmt.[/caption]

In seinem Musikstudium erhielt er Unterricht in Komposition bei Nadja Boulanger an der École Normale de Músique in Paris und lernte das Cellospiel bei Maurice Eisenberg. Später studierte Vilayat Philosophie und – zwischen Paris und Oxford pendelnd – Sufismus bei Louis Massignon sowie Psychologie bei H. H. Price. Nach Ausbruch des zweiten Weltkriegs zog die Familie 1940 nach London. Vilayat Khan ging zur Royal Air Force und diente später als Offizier auf einem Minenräumboot der Royal Navy. Nach dem Krieg nahm er eine Anstellung im Büro des indischen Hochkommissars in London an und später in der pakistanischen Botschaft. Für einige Zeit war er Reporter für die Zeitung Dawn in Karachi.

Umfangreiche Studien der vergleichenden Religionswissenschaft und intensives spirituelles Training bei geistigen Lehrern verschiedener Traditionen, insbesondere des indischen Sufismus, führten ihn in zahlreiche Länder der Welt, bevor er in den 50er Jahren des vergangenen Jahrhunderts begann, den Sufiorden auf der Grundlage von Hazrat Inayat Khans ursprünglichem rechtlichem Londoner Statut von 1917 aufzubauen. Um seiner Lehrtätigkeit in den USA und Europa nachzukommen, war Pir Vilayat in seinem Leben ständig auf Reisen. Für Zeiten des Rückzugs hatte er eine Höhle in den Alpen von Chamonix, wo die Anwohner ihn als Le Vieux de la Montagne (der Alte vom Berg) kannten.

Er leitete Seminare, Meditations-Camps und Retreats in der ganzen Welt. Er organisierte zahlreiche interreligiöse Veranstaltungen und nahm an vielen internationalen Konferenzen über Spiritualität, Naturwissenschaft und Psychologie teil. Im Laufe seines langen Lebens weihte Pir Vilayat tausende von Murids ein. Er verbreitete die Sufibotschaft seines Vaters und entwickelte die Botschaft für unsere Zeit, eine zeitgemäße Spiritualität, die die Erkenntnisse der modernen Naturwissenschaft und der Psychologie integriert.

Pir Vilayat sah Meditation als eine Wissenschaft an, die sich kontinuierlich weiterentwickeln müsse. Seine Methodik, die in der Sufi-Tradition sein Vaters gründete, schloss die Lehren des Buddhismus, des Christentums, Yoga und Alchemie ebenso ein, wie Erkenntnisse aus Physik, Biologie und Psychologie. Musik – insbesondere Werke von Johann Sebastian Bach – blieb stets ein wichtiger Bestandteil seines Lebens und Wirkens.

Im Jahre 2000 weihte Pir Vilayat seinen Sohn Zia in einer feierlichen Zeremonie in Delhi in den Rang eines Pir und bestätigte ihn als seinen spirituellen Nachfolger. Am 17. Juni 2004 starb er im Oriental Room von Fazal Manzil. Sein Körper wurde in der Nähe des Grabmals seines Vaters in Delhi, Indien, beigesetzt.